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環(huán)狀DNA測序工具“CIDER-Seq”面世

科技日報 | 2020-05-19 15:09:37

據(jù)物理學家組織網(wǎng)5月14日報道,加拿大阿爾伯塔大學生物學家發(fā)明了一種新工具,可對環(huán)狀DNA進行測序,這將為科學家提供更豐富、更準確的數(shù)據(jù),有望促進針對病毒、農業(yè)甚至癌癥的研究。

這一工具名為“CIDER-Seq”,它使用了被稱為“PacBio”的DNA測序技術,研究人員目前已將其發(fā)表在網(wǎng)絡上,供其他科學家分析DNA序列。

研究主要作者、博士后研究員德文·梅塔說:“借助CIDER-Seq,我們可以了解神秘的環(huán)狀DNA在人和植物細胞中的功能。”

研究人員解釋稱,環(huán)狀DNA在細菌和病毒的基因組中很常見,最近,科學家又在人和植物細胞的核內發(fā)現(xiàn)了環(huán)狀DNA,并將其稱為染色體外環(huán)狀DNA(eccDNA)。這種鮮為人知的環(huán)狀DNA也常出現(xiàn)在癌細胞中,甚至可能與其快速繁殖的能力有關。

研究人員此前已開始著手調查eccDNA在癌癥中的作用,但由于缺乏有效的研究和測序方法,此類研究進展緩慢。

梅塔說:“鑒于此,我們設計了一種新的分子生物學方法和新的生物信息學算法,以最終獲得eccDNA的完整序列。我們的方法能對這些分子進行完整測序,并為我們和其他研究人員提供一種新工具,可以更好地了解它們在細胞中的實際作用。”

梅塔指出,新工具可能對農業(yè)科學家特別有用,因為許多農作物感染的病毒都擁有環(huán)狀DNA。他舉例說:“在肯尼亞的一次田間試驗中,我們使用CIDER-Seq的早期版本,幫助研究了經(jīng)過基因工程改造的農作物在對抗環(huán)狀DNA病毒方面的有效性。”

  • 標簽:環(huán)狀DNA,測序,CIDER-Seq

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